Andrea Agnelli è stato parte integrante della manovra stipendi della Juventus. Queste le motivazioni del Tribunale federale nazionale in merito alla sentenza ai danni dell'ex presidente bianconero, ovvero 16 mesi di inibizione e 60mila euro di multa: "Il Collegio ritiene provata con ragionevole certezza la responsabilità del dott. Andrea Agnelli". Lui "è stato parte integrante", ma non "l'unico ideatore della manovra".
Si legge anche che: "La manovra stipendi 2019-2020 costituisce dato di fatto oggettivo che la stessa abbia avuto quale effetto immediato e concreto di evitare l'appostazione in bilancio di costi e/o debiti per circa 90 milioni di euro e anche della violazione del principio di par condicio con le altre società consorelle della Lega Nazionale Professionisti Serie A in punto di equilibrio economico finanziario".